Các tác động từ thiên nhiên như bão, sự ăn cỏ, sự cào phá của các tảng băng và sự khử nước là những tác động cố hữu đối với hệ sinh thái cỏ biển. Cỏ biển thể hiện tính co giãn kiểu hình (phenotypic plasticity) rất cao và thích nghi nhanh chóng với sự thay đổi của môi trường.

Hiện cỏ biển đang suy giảm trên phạm vi toàn cầu. Trong những thập niên gần đây, có khoảng 30.000 km² cỏ biển đã biến mất. Nguyên nhân chủ yếu là do tác động bất lợi từ phía con người, nhất là tình trạng phú dưỡng (thừa chất hữu cơ), phá huỷ cơ giới và đánh cá quá mức.

Thứ nhất, nạn dư thừa chất dinh dưỡng hữu cơ như nitơ, phốtpho gây đầu độc cỏ biển[4], nhưng quan trọng hơn là chúng kích thích sự tăng trưởng của thực vật biểu sinh, rong biển trôi tự do và vi tảo trong nước, kết quả là làm giảm lượng bức xạ Mặt Trời đến với cỏ biển và gây hại cho quá trình quang hợp của cây. Lá cỏ biển thối rữa làm gia tăng hiện tượng nước nở hoa, từ đó tạo ra phản hồi dương.[5] Điều này làm gây nên hiện tượng chuyển dịch chế độ (regime shift), nghĩa là tảo biển có thể phát triển lấn át hoàn toàn cỏ biển.

Thứ hai, các bằng chứng thu thập được cho thấy rằng hoạt động đánh bắt quá mức các loài săn mồi bậc trên của chuỗi thức ăn (tức cá ăn thịt cỡ lớn) làm gia tăng số lượng cá ăn thịt cỡ nhỏ, từ đó gây sút giảm số lượng các loài ăn tảo như động vật giáp xác và chân bụng. Hậu quả của việc này là sự phát triển mạnh của tảo.

Thứ ba, cỏ biển bị phá huỷ cơ giới khi chân vịt của tàu thuyền cào vào bãi cỏ khi chúng đi qua vùng nước nông.

Những phương pháp được áp dụng nhiều nhất để bảo vệ và khôi phục bãi cỏ biển là: làm giảm lượng chất hữu cơ dư thừa, giảm ô nhiễm môi trường, lập các khu bảo tồn biển và cấy lại cỏ biển.